ISO 23418:2022 食物链微生物学 细菌分型和基因组特征的全基因组测序 一般要求和指南

标准编号：ISO 23418:2022

中文名称：食物链微生物学 细菌分型和基因组特征的全基因组测序 一般要求和指南

英文名称：Microbiology of the food chain — Whole genome sequencing for typing and genomic characterization of bacteria — General requirements and guidance

发布日期：2022-06

标准范围

本文件规定了生成和分析从食物链获得的细菌全基因组测序（WGS）数据的最低要求。这个过程可以包括以下几个阶段:a） 细菌培养物的处理；b） 无菌基因组DNA分离；c） 库制备、测序和评估原始DNA序列读取质量和存储；d） 用于确定遗传相关性、遗传内容和预测表型的生物信息学分析，以及生物信息学管道验证；e） 元数据捕获和序列存储库沉积；f） 验证端到端WGS工作流（适合预期应用的目的）。本文件适用于从以下来源分离的细菌:—？供人类消费的产品；—？用于动物饲料的产品；—？食品和饲料处理和生产区域的环境样本；—？初级生产阶段的样品。

This document specifies the minimum requirements for generating and analysing whole genome sequencing (WGS) data of bacteria obtained from the food chain. This process can include the following stages:a) handling of bacterial cultures;b) axenic genomic DNA isolation;c) library preparation, sequencing, and assessment of raw DNA sequence read quality and storage;d) bioinformatics analysis for determining genetic relatedness, genetic content and predicting phenotype, and bioinformatics pipeline validation;e) metadata capture and sequence repository deposition;f) validation of the end-to-end WGS workflow (fit for purpose for intended application).This document is applicable to bacteria isolated from:—    products intended for human consumption;—    products intended for animal feed;—    environmental samples from food and feed handling and production areas;—    samples from the primary production stage.

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